En esa primera temporada 2001/2002, se consiguen formar 3 equipos en categoría benjamín, infantil y cadete, que aglutinan a un total de 34 jugadores. Además, surgen durante la misma otras iniciativas como el Campeonato de Fútbol 3 contra 3 que celebra su primera edición en junio de 2002 y por el que ya han pasado más de 1.200 jóvenes jugadores.
En la segunda temporada, la 2002/2003, se amplió en dos el número de equipos hasta alcanzar un total de cinco, en los que estaban repartidos el total de 58 jugadores que formaron el club.
En la temporada 2003/2004 se consigue tener un equipo en cada de una las categorías que conforman el deporte en edad escolar: desde la de mayor edad (juvenil) hasta la de los más pequeños (prebenjamín). En estos 6 equipos se reparten los más de ochenta jugadores que se pertenecen al club ese año. Al final de esta temporada, Jorge Priego decide abandonar el proyecto y José Manuel Sánchez Monroy asume la continuación en solitario del mismo.
En la temporada siguiente, 2004/2005, se mantiene el número de equipos, si bien desaparece el de categoría prebenjamín. El número de jugadores también desciende ligeramente hasta situarse en torno a los 65. Empiezan a llegar los éxitos deportivos y el equipo juvenil se proclama subcampeón provincial, solamente superado por Olias del Rey F.S. (filial del equipo de División de Plata).
En la 2005/2006, se realiza un importante esfuerzo para volver a contar con representación en todas las categorías, configurando 8 equipos con unos 85 deportistas. De nuevo el equipo juvenil vuelve a estar entre los mejores de la provincia en la liga federada, alcanzando la 4ª posición, después de haber dominado toda la primera fase. Además, los equipos de categoría benjamín e infantil consiguen clasificarse para la Fase Provincial de sus respectivas categorías.
En la temporada 2006/2007 se mantuvo el número de jugadores por encima de los ochenta pese a contar con un equipo menos que la temporada anterior, puesto que no hemos optado por mantener el equipo de categoría juvenil debido, entre otros motivos, al importante coste económico que conlleva esta categoría que queda al margen del Campeonato Regional del Deporte en Edad Escolar. Sin embargo, estamos muy satisfechos porque tenemos más de veinte jugadores en categoría prebenjamín –la de los más pequeños- que auguran un futuro éxito y continuidad del proyecto. Al finalizar la temporada, se participó en el Torneo Internacional Virgen de Gracia que cada año organiza el Ayuntamiento de San Lorenzo de El Escorial con las categorías benjamin, alevín e infantil, que terminaron quintos, subcampeones y cuartos respectivamente, enfrentándose a equipos de toda España.
En la temporada 2007/2008 contamos con casi 90 jugadores repartidos en 6 equipos: 2 prebenjamines, 1 benjamin, 1 alevín, 1 infantil y 1 cadete. Los resultados deportivos fueron bastante buenos, copando uno de los tres primeros puestos de la clasificación en 4 de las 5 categorías. Mención especial para el equipo Alevín que se proclamó campeón de liga y disputó la fase provincial en la que quedo eliminado tras perder dos igualados partidos contra Talavera y Villatobas. En el final de temporada se repitió participación en El Escorial con el equipo Alevín, que volvió a quedarse a las puertas del título, tras perder la final frente a Boadilla-Las Rozas. Además, el equipo Prebenjamín se trajo la copa de campeón de su participación en el Torneo de Pulgar.